O novo laboratório conta com um Conselho Científico internacional que integra Heinrich Rohrer, Prémio Nobel da Física 1986 precisamente por trabalhos no domínio da nanotecnologia quando trabalhava nos laboratórios da IBM em Zurique, outros investigadores que dirigem laboratórios em prestigiadas instituições na Alemanha e nos Estados Unidos da América (EUA), nomeadamente no Instituto Max-Plank na Alemanha, no Centro Conjunto de Investigação da União Europeia, no Laboratório Nacional de Brookhaven em Nova Iorque, na University of Southern California e na University of Pennsylvania, e Mihail Roco que na National Science Foundation trabalhou na concepção da Iniciativa Nacional de Nanotecnologia dos EUA, aprovada em 2004.
Na sequência de convites endereçados a três das mais destacadas empresas projectistas internacionais de laboratórios de nanotecnologia, foram aprovadas em 27 de Julho de 2007 as propostas apresentadas por duas delas para Estudos Prévios das instalações e do futuro campus do INL. Estes Estudos Prévios foram desenvolvidos concorrencialmente pelas duas empresas seleccionadas até ao final de 2007, ao que se seguiu a selecção da melhor proposta e a passagem para a fase de desenvolvimento do projecto e preparação do concurso da 1ª empreitada de construção.
No dia 18 de Janeiro de 2008, no âmbito da XXIII Cimeira Luso-Espanhola e depois de concluído o processo de aprovação do estatuto do INL por tratado entre os dois países aprovado nas respectivas assembleias parlamentares, foi assinado em Braga, no próprio terreno das futuras instalações do INL e com a presença do Primeiro Ministro de Portugal, José Sócrates, do Presidente do Governo de Espanha, José Luis Zapatero, e dos vários ministros que integraram as delegações dos dois países na referida Cimeira, o Acordo de Sede entre a República Portuguesa e o INL, o qual veio a ser aprovado pela Assembleia da República em Junho de 2008.
Este acordo estabelece as imunidades e privilégios do Laboratório e das pessoas a ele associadas, enquanto organização científica com enquadramento legislativo internacional. Na altura foi também apresentada publicamente a maqueta das instalações a serem construídas.
No dia 11 de Março de 2008, foi lançado o concurso internacional para a 1ª empreitada de construção do INL, envolvendo demolições, fundações, estrutura, redes enterradas e cobertura. Em Maio de 2008, foram nomeados os membros do Conselho do INL, constituído por três representantes de cada país, e este Conselho nomeou os dirigentes executivos do INL, nomeadamente o Director-Geral e o Director-Geral Adjunto.
Do ponto de vista construtivo as futuras instalações do INL têm exigências técnicas únicas associadas à especificidade e aos requisitos inerentes à actividade laboratorial de nanotecnologia, designadamente em termos de controlo de vibrações e campos electromagnéticos.
Estas exigências têm-se traduzido no dimensionamento de estruturas recorrendo à incorporação de betões de comportamento especial, assim como de armaduras revestidas com epoxi ou de aço inox. No que se refere às exigências impostas à execução das redes de infraestruturas, são utilizados equipamentos electromecânicos, redes de terras e redes de gases com características singulares. Várias técnicas construtivas estão a ser realizadas nesta obra pela primeira vez em Portugal.
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